Қазақ ССР Халықтық Комиссарлар кеңесінің №858/29 қаулысымен 21.10.1933жылы Аймақтық офтальмологиялық ғылыми-зерттеу тәжірибелік институты құрылды, ал 1934жылдың қараша айында медицина институтында көз аурулары кафедрасы ашылды. Алғаш болып көз аурулары кафедрасының меңгерушісі профессор В.П. Рощин тағайындалды, ол кафедраны 35 жыл бойы басқарды (1934-1969жж).

Қазақстанда офтальмологиялық қызметтің қалыптасуы Ұлы Отан Соғысы басталуымен тоқтап қалды. Соғыстың алғашқы күндерінен бастап майданға жетік маман – ассистенттер А.В. Ильченко, Л.Д. Мицкевич, Л.Д. Ципенюк соғысқа аттанды. Әрекеттегі армияның емдеу мекемелерінде жұмыс істей жүріп, олар соғыс кезінде алған көз жарақаттарында жедел көмек көрсету және соғыс мүгедектерінің реабилитациясына хирургиялық көмек көрсету жұмыстары жайлы бірнеше бағалы ұсыныстар кіргізді. Л.Д. Мицкевичпен ұсынылған хирургиялық операциялар Ұлы Отан соғысы тәжірибесінің фундаменталді еңбектерінде жарияланған бұл жұмыстар қазіргі уақытта да көздің зақымдануларында көрсетілетін хирургиялық өңдеудің жетік компоненттері болып саналады.

Профессор В.П. Рощинның басқаруымен кафедра қызметкерлері Л.Д. Мицкевич, Л.М. Ципенюк, А.В. Ильченко елімізде бірінші болып, қасаң қабықты ауыстыру оталарын жасады. Донорлық материалды залалсыздандырылған вазелин майында консервациялау тәсілі ұсынылды, әртүрлі инфекцияда қасаң қабықтың зақымдануының морфологиялық аспектілері зерттелді. Осы жұмыстар Л.Д. Мицкевич (1942), Л.М. Ципенюк (1945), А.В. Кириллечеваның (1943) кандидаттық диссертация қорғауларымен аяқталды. Кейінірек, өзінің бүкіл өмірін қасаң қабықтың хирургиясына және оқытушылық қызметке арнаған кафедраның доценті О.М. Романико кератопластика мәселесімен айналысты.

Профессор В.П. Рощинның басшылығымен 3 докторлық және 14 кандидаттық диссертациялар қорғалды, 100-ге жуық ғылыми мақалалар және монография жарық көрді. Өзінің жұмысы үшін ол Ленин орденімен, Еңбек Қызыл Ту, Құрмет белгісі ордендерімен, Жоғарғы Кеңес Президиумының мақтау қағаздарымен марапатталды. Оған ҚазССР ғылымға еңбек сіңірген қайраткері деген ардақты атақ берілді.

1970 жылдан 1988 жылға дейін көз аурулары кафедрасының меңгерушісі және институттың директоры профессор Г.А. Ульданов болды. Оның басшылық ету кезеңінде Республиканың офтальмологиялық қызметін ұйымдастыру жұмысына көп көңіл бөлінді. Аймақтық офтальмологиялық құрылымдар дамыды, бас офтальмологтар және олардың атқаратын міндеттері анықталды, институттың жетекші мамандарының арасынан кураторлар тағайындалды. 1974жылдан бастап, офтальмологияда революциялық мәні бар емдеудің микрохирургиялық тәсілдері енгізілді, барлық аудандық офтальмологиялық орталықтар микроскоптармен және арнайы микрохирургиялық құралдармен жабдықталды. Москвада алғашқы микрохирургтерді оқытқаннан кейін, сондай циклдер ҚазҒЗ көз аурулары институтында да ұйымдастырылды. Емдеудің микрохирургиялық тәсілінің дамуына донорлық тіндерді консервациялау қызметін ұйымдастырудың маңызы зор болды.

Профессор Г.А. Ульдановтың басшылығымен 25 кандидаттық және 2 докторлық диссертациялар қорғалды, 200-ге жуық ғылыми жұмыстар, соның ішінде 2 монография жарық көрді. Қазақстанда көрнекті ғалым офтальмологтардың қатысуымен офтальмологтардың 1 және 2 съездері өтті. Г.А. Ульданов институттың 10 ғылыми еңбектер жиынтығының редакторы, Қазақстан офтальмологтары қоғамының төрағасы, Бүкіл кеңестік офтальмогтар қоғамы төрағасының орынбасары болды. Ол Халықтар достығы орденімен, Ұлы Отан соғысы уақытында қажырлы еңбегі үшін медальдармен, ҚазССР Жоғарғы Кеңес Президумының мақтау қағаздарымен марапатталды.

1989 жылдан 1995 жылға дейін кафедраны доцент Т.Г. Өтельбаев басқарды. Профессор Г.А. Ульдановтың шәкірті кафедрада бірінші болып, Йемен республикасында интернационалды көмек көрсету үшін офтальмолог ретінде жұмыс істеді. Кафедраның ассистенттері К.Б. Көшеров, А.Н. Жұматаевпен бірге ол алғаш рет офтальмологиядан қазақ тілінде оқулық басып шығарды.

1995 жылдан 2003жылға дейін кафедраны және ҚазҒЗ көз аурулары институтын тұңғыш рет әйел- профессор Ж.Ғ. Мұстафина басқарды. Оның және ҚазҰМУ ректоры профессор Т.А. Муминовтың басқаруымен кафедра мен институтты, сонымен қатар АМДБЖИ (АГИУВ) офтальмология кафедрасын қосатын «Офтальмология» атты оқу-әдістемелік, ғылыми-өндірістік бірігу құрылды. Мұндай интеграция студенттерді оқытуда ҒЗИ ғылыми- техникалық потенциалын пайдалану арқылы оқу, ғылыми-зерттеу үрдістерін жақсартуға ықпал етті.

Профессор Ж.Ғ. Мұстафинаның басшылығымен 18 кандидаттық және докторлық диссертациялар қорғалды, 300-ге жуық мақалалар жарық көрді. Ол кісінің ынтасымен кандидаттық диссертацияны қорғауға арнайы кеңес ашылып, бірнеше жыл бойы ол оған төрағалық етті. Өзінің жұмысы үшін Ж.Ғ. Мұстафина «Құрмет белгісі» және «Парасат» ордендерімен, ҚазССР Жоғарғы Кеңесінің құрмет мақтау қағаздарымен және «ҚР Еңбек сіңірген дәрігері» атағымен марапатталды.

2003жылдан 2009жылға дейін кафедраны профессор Б.О. Сулеева басқарды. Оның 273 ғылыми мақалалары және 2 монографиясы, әдістемелік ұсыныстары жарық көрді, ҚСРО, РФ және Қазақстан республикасының 24 өнертабысқа куәліктер мен патенттер алынды. Оның басшылығымен 7 кандидаттық диссертациялар қорғалды.

2009 жылдың тамыз айынан бастап кафедраны профессор Т.К. Ботабекова басқаруда. Ол 1988 жылы «Комплекс лечебных мероприятий, направленных на сохранение зрительных функций у больных с развитой и далекозашедшей стадиями первичной открытоугольной глаукомы» атты тақырыпта кандидаттық диссертация қорғады. Осы ғылыми жұмыстың нәтижесі 2003жылы «Новый вид квантового генератора лазер на парах золота и его возможности в лечении различной патологии глаз» атты тақырыпта докторлық диссертация қорғаумен аяқталды. Т.К. Ботабекованың 200 астам ғылыми жұмыстары, соның ішінде 3 монография жарық көрді, өнертабысқа бірнеше авторлық куәліктер және Ресей федерациясы мен Қазақстан Республикасының патенттерді беруге оң шешімдері алынды. Ол кісінің басшылығымен институт қызметкерлерінде ғылымға деген құштарлық өсіп, Франция, Германия, АҚШ, Австрия, Италия, Ресей, Украина және басқа да жақын және алыс шетелдерде өтетін симпозиум, съезд, конференция және біліктілігін жоғарылату курстарына жиі баруға мүмкіндік бар. Институт қызметкерлері Еуропа Офтальмологиялық Ұйым және түркі тілдес мемлекеттердің офтальмологтар Ассоциациясының мүшелері болып табылады.

Т.К. Ботабекова «ҚР Денсаулық сақтау үздігі» кеуде белгісімен, ал 2009 жылы отанымыздың денсаулық сақтау ісіне сіңірген көптеген еңбегі үшін үкіметтік «Парасат» орденімен марапатталды.

2014 жылдан бастап кафедра меңгерушісі м.ғ.д. Сүлейменов Марат Смагулович.