Постановлением Совета Народных Комиссаров КАССР № 858/29 от 21.10.33 г. был учрежден Краевой офтальмологический научно-исследовательский практический институт, а в ноябре следующего 1934 года была открыта кафедра глазных болезней при медицинском институте. Первым заведующим кафедрой глазных болезней в течение 35 лет был д.м.н., профессор Василий Павлович Рощин (1934-1969
Коллектив, работавший под руководством профессора В.П.Рощина, хотя и назывался объединенным с кафедрой, был весьма немногочисленным по сегодняшним меркам, однако проблемы, над решением которых они с большим энтузиазмом работали, были многогранными и обширными.
Ассистентом А.В.Ильченко был разработан оригинальный метод лечения трахоматозного паннуса введением 1-2% раствора хлористого железа, ассистентами Л.Д.Мицкевичем и Т.В.Макеевой была доказана эффективность конъюнктиво-тарзальных насечек.
Уникальными были исследования ассистента О.А.Дудинова по экспериментальной туляремии и изучению особенностей глазных форм заболевания, которые завершились успешной защитой докторской диссертации.
Впервые в Казахстане проблемой бруцеллеза органа зрения занимался профессор В.П. Рощин («Бруцеллез и орган зрения», Алма-Ата 1951). Изучение патогенетических форм глазных проявлений бруцеллеза, принявшего в те годы для Казахстана характер краевой эпидемии, завершился успешной защитой кандидатских и докторских диссертаций.
Успешное становление офтальмологической службы в Казахстане было прервано Великой Отечественной войной. С первых дней войны ушли на фронт ведущие специалисты – ассистенты Александр Васильевич Ильченко, Леонид Дмитриевич Мицкевич, Лазарь Миронович Ципенюк. Работая в лечебных учреждениях действующей армии, они внесли ряд ценных предложений по оказанию неотложной помощи при глазной травме военного времени и хирургической помощи в реабилитации инвалидов войны. Предложенные Л.Д.Мицкевичем хирургические операции, опубликованные в фундаментальных трудах опыта Великой Отечественной войны, до сих пор являются обязательными компонентами успешной хирургической обработки повреждений глаза.
Послевоенный период деятельности института и офтальмологов Казахстана характеризовался планомерным наступлением на трахому. Благодаря внедрению в практику научных разработок коллектива кафедры и института. организацией всеохватывающей работы с населением медицинского персонала, трахома на территории Казахстана к середине 60 годов была ликвидирована.
Сотрудники кафедры Л.Д.Мицкевич, Л.М.Ципенюк, А.В.Ильченко во главе с В.П.Рощиным одними из первых в стране освоили и провели первые операции пересадки роговицы. Были предложены методы консервации донорского материала в стерильном вазелиновом масле, исследованы морфологические аспекты поражения роговицы при различных инфекциях, которые завершились успешной защитой кандидатских диссертаций Л.Д.Мицкевича (1942), Л.М.Ципенюка (1945), А.В.Кирилличева (1943). Позже проблемой кератопластики успешно занимался доцент кафедры Олег Михайлович Романико, посвятивший хирургии роговицы и педагогической деятельности всю жизнь.
Под руководством проф. В.П.Рощина были защищены 3 докторские и 14 кандидатских диссертаций, им были опубликованы свыше 100 научных работ, монография. За свой труд он был награжден орденом Ленина, орденами Трудового Красного Знамени, Знак Почета, медалями, Грамотами Президиума Верховного Совета, ему было присвоено Почетное звание Заслуженного деятеля науки Каз.ССР.
С 1970 по 1988 год заведующим кафедрой глазных болезней и одновременно директором института был д.м.н., профессор Галим Аллаярович Ульданов. В период его руководства уделялось большое внимание организации офтальмологической службы Республики. Начиная с 1974 года, проводилось революционное внедрение микрохирургических методов лечения в офтальмологии, оснащение всех областных офтальмологических центров. Первостепенной задачей этой акции была подготовка микрохирургов в Республике, которая осуществлялась согласно приказу № 145 МЗ СССР. После обучения первых микрохирургов в Москве, были организованы аналогичные циклы в условиях НИИ глазных болезней. Одним из важных для развития микрохирургических методов лечения была организация службы консервации донорских тканей.
Под руководством проф. Г.А.Ульданова были проведены 1 и 2 съезды офтальмологов Казахстана и 1 съезд офтальмологов Средней Азии и Казахстана с привлечением виднейших ученых офтальмологов СССР.
Под руководством проф. Г.А.Ульданова были защищены более 25 кандидатских и 2 докторские диссертации, опубликованы более 200 научных работ, в том числе 2 монографии. Г.А.Ульданов был редактором 10 сборников научных трудов института, председателем общества офтальмологов Казахстана и заместителем председателя Всесоюзного общества офтальмологов. Он был награжден орденом «Дружбы народов», медалями за доблестный труд во время ВОВ, почетными грамотами Президиума Верховного совета Каз.ССР.
В период с 1989 по 1995 годы кафедрой заведовал к.м.н., доцент Турсун Галиевич Утельбаев. Ученик профессора Г.А.Ульданова, он одним из первых на кафедре работал в Республике Йемен офтальмологом по оказанию интернациональной помощи. Им в соавторстве с ассистентами кафедры Кенжебай Бакушевичем Кошеровым и Асылхан Намазбековичем Джуматаевым был написан первый учебник офтальмологии на казахском языке.
С 1995 по 2003 гг. кафедрой руководит, также будучи одновременно директором института, профессор Жанар Габиденовна Мустафина. По ее инициативе, а также ректора КазНМУ профессора Т.А.Муминова, создается учебно-методическое научно-производственное объединение «Офтальмология», соединившее помимо кафедры и института, еще и кафедру офтальмологии АГИУВ. Подобная интеграция способствовала оптимизации как учебного, так и научно-исследовательского процесса, позволяя использовать научно-технический потенциал НИИ в обучении студентов.
Под ее руководством защищено 18 кандидатских и докторских диссертаций. Ей принадлежит инициатива по открытию специализированного совета по защите кандидатских диссертаций, председателем которого она была в течение ряда лет. За свою работу она награждена орденами «Знак почета» и «Парасат», почетной грамотой Верховного Совета Каз.ССР и званием «Заслуженный врач РК».
С 2003 по 2009 год кафедрой заведовала д.м.н., профессор Сулеева Багдад Омаровна. Со студентческой скамьи работала в КазНИИ глазных болезней и прошла путь от м.н.с. до зам. директора по науке.
В феврале 1994 года защитила диссертацию на соискание ученой степени доктора медицинских наук по теме: «Реконструктивная микрохирургия контузионной травмы глаза» в диссертационном совете НЦ хирургии им. А.Н.Сызганова в г. Алматы. Опубликовала 273 научные статьи и 2 монографии, методические рекомендации, получено 24 свидетельства на изобретения и патентов СССР, РФ и Республики Казахстан.
Под ее руководством защищены 7 и выполняются 2 кандидатские диссертаций.
Плодотворная работа Б.О.Сулеевой неоднократно отмечалась руководством института, а также МЗ РК
За последние годы участвовала в работе 28-го интернационального конгресса по офтальмологии в Амстердаме ( Нидерланды), 17 конгресса ЕСКРС в Вене ( Австрия), 36 конгресса турецкого общества офтальмологов в г.Анталье, Турция, 1 международного конгресса офтальмологов в г.Ашгабад, Туркменистан, выступала с докладами на 19 международном симпозиуме офтальмологов в г.Сидней( Австралия, 2002), симпозиуме по глаукоме в Вене, 2005, на 23 конгрессе ЕСКРС в Париже в2004 г.
С августа 2009 по июнь 2014г. заведовала кафедрой член-корреспондент НАН РК д.м.н., профессор Ботабекова Турсунгуль Кобжасаровна. В 1988 году успешно защитила кандидатскую диссертацию «Комплекс лечебных мероприятий, направленных на сохранение зрительных функций у больных с развитой и далекозашедшей стадиями первичной открытоугольной глаукомы». Закономерным итогом дальнейшей научной деятельности явилась защита в 2003 году докторской диссертации на тему «Новый вид квантового генератора лазер на парах золота и его возможности в лечении различной патологии глаза». Т.К. Ботабековой опубликовано свыше 200 научных работ, включая 3 монографии, получено не одно авторское свидетельство на изобретение и положительное решение о выдаче патентов Российской федерации и Республики Казахстан.
В лице первого руководителя Ботабековой Т.К. институт удостоен Золотой Медали Международного фонда «За высокое качество в деловой практике».
Ботабекова Т.К. награждена нагрудным знаком «Отличник здравоохранения РК», а в 2009 году за многочисленные заслуги перед отечественным здравоохранением отмечена важной правительственной наградой орденом «Парасат». За годы руководства Ботабековой Т.К. институт максимально подтвердил высокий статус научно-исследовательского центра, единственного в республике. Приоритетными являются проблемы глаукомы и сосудистой патологии органа зрения, витреоретинальная патология
С 2014г. кафедру возглавляет доктор медицинских наук, заместитель Председателя Правления АО КазНИИ глазных болезней по клинической работе, член Европейского Общества катарактальных и рефракционных хирургов (ESCRS) Сулейменов Марат Смагулович.
В 2014 году он первым в стране провел рефракционную операцию, на фемтосекундном лазер в клинике института глазных болезней. Было создано отделение рефракционной хирургии, за прошедший период им было произведено более 10000 оперативных вмешательств методике.
С появлением на мировом офтальмологическом рынке последнего достижения науки и практики- фемтосекундного лазера, в 2014г. М.С.Сулейменов впервые в Казахстане и Средней Азии провел пересадку роговицы и экстракцию катаракты, с использованием данной инновационной технологии. Было открыто новое направление в отечественной рефракционной хирургии.