Болатбек Бимендеұлы Баймаханов 1986 жылы Алматы мемлекеттік медицина институтының емдеу факультетін тәмамдаған. 1986 – 1987 жылдар аралығында Қызылорда облыстық ауруханасының базасында «хирургия» бойынша интернатурада білім алған.

Өз еңбек жолын 1987 жылы Қызылорда облыстық ауруханасының эндоскопист – дәрігері лауазымынан бастады. 1991 жылы «Абдоминальдық хирургия» мамандығы бойынша екі жылдық клиникалық ординатураны аяқтап, 1995 жылы конкурс бойынша А.Н.Сызғанов атындағы клиникалық және эксперименталды хирургия бойынша ҒЗИ-дың эндоскопиялық хирургия бөлімшесінің аға ғылыми қызметкері лауазымына тағайындалды. 2000 жылдан бастап Оңтүстік-Қазақстан облысының Денсаулық сақтау басқармасының басшысы лауазымында қызмет атқарды. 2003 жылы «А.Н.Сызғанов атындағы Ұлттық ғылыми хирургия орталығының» РМКК директоры лауазымына тағайындалды. Сонымен қатар, 2006 жылы «Экономика бакалавры» дәрежесін алып, Тұрар Рысқұлов атындағы Қазақ экономика университетін тәмамдады. 2007 – 2008 жылдар аралығында Орталықтың бауыр, өт жолдары және ұйқы безі хирургиясы бөлімшесінің меңгерушісі болып жұмыс істеді.2008 жылы Қызылорда облысының Денсаулық сақтау басқармасының басшысы лауазымына тағайындалды. 2011 жылдан бастап Астана қаласының «Шұғыл медициналық көмек көрсету бойынша Республикалық орталығы» АҚ Директорлар кеңесінің төрағасы қызметін атқарды. 2012 жылдың ақпан айынан бастап 2016 жылға дейін – Алматы қ. № 7 қалалық клиникалық ауруханасының бас дәрігері. 2016 жылғы қаңтардан бастап қазіргі уақыт аралығында – «А.Н.Сызғанов атындағы ҰҒХО» АҚ Басқарма төрағасы.

2001 жылы Болатбек Бимендеұлы Баймахановқа медицина ғылымдарының докторы ғылыми дәрежесі берілді. 2006 жылы медицина профессоры ғылыми атағын алды. Б.Б. Баймаханов – ҚР ҰҒА академигі, Ресей Ғылым академиясының академигі, Дүниежүзілік гепатолог-хирургтар қауымдастығының мүшесі.

Ол 200-ден астам ғылыми–тәжірибелік мақалалардың авторы, өнертабыс бойынша 42 патентке ие, ҚР өнертабысының инновациялық патенттеріне дейінгі 28 патентке ие, оның жетекшілігімен 8 кандидаттық және 4 докторлық диссертация қорғалды.