Интернатура в КазНМУ им С.Д.Асфендиярова была организована для выпускников лечебного и педиатрического факультетов на основании постановления Правительства Республики Казахстан от 28 сентября 1999 года №1469 «О мерах по дальнейшему совершенствованию медицинского образования в республике».
После выхода Государственного Общеобязательного Стандарта Образования 2006 года лечебный факультет был присоединен к факультету профессиональной подготовки. По решению Ученого совета №7 от 28 февраля 2012 года деканат профессиональной подготовки вошел в состав Высшей медицинской школы КазНМУ (директор ВМШ Балмуханова А.В.). В годы работы была заложена организационно-методическая основа интернатуры по направлениям подготовки: врач терапевт, врач педиатр, врач хирург, врач акушер-гинеколог, врач общей практики, врач стоматолог общей практики. Внедрена система содействия трудоустройству – с 2007 года ежегодно проводится «Ярмарка вакансий», организуются встречи выпускников с работодателями, проводится персональное распределение выпускников. С 2009 года расширены клинические базы факультета – проводится выездная практика интернов в областях РК: Алматинской, Жамбылской, Кызылординской, Атырауской, Мангистауской, Западно-Казахстанской, Акмолинской, Северо-Казахстанской, Восточно-Казахстанской.
В соответствии с Законом об образовании РК (Постановление Правительства от 27.07. 2007 № 319-III ЗРК) была введена резидентура.Первый прием в резидентуру проведен в 2008 году, принято 25 врачей по 11 специальностям. Структурным подразделением ответственным за подготовку врачей в резидентуре был отдел аспирантуры, докторантуры и резидентуры, в 2010 году в связи с упразднением аспирантуры и докторантуры, отдел преобразован в отдел резидентуры (начальник отдела Оразаева Ф.Г.). С 2008 года в резидентуре подготовлено 422 врача по 25 специальностям, в текущем учебном году обучается 346 резидентов по 21 специальности, на 26 клинических кафедрах.
На основании приказа ректора №4943 от 16.10.14. «О преобразованиях в структуре учебных департаментов» деканат профессиональной подготовки преобразован в деканат «интернатуры и резидентуры». До сентября 2015 года деканом факультета была д.м.н., профессор, член-корр.НАН РК Балмуханова А.В.
Подготовку интернов и резидентов осуществляют опытный профессорско-преподавательский состав, куда входят члены Национальной Академии наук, 66 доктора медицинских наук и 103 кандидата медицинских наук. Кафедры и модули деканата занимаются научными исследованиями и образовательным процессом, оказывают огромную консультативную, лечебно-диагностическую, методическую и экспертную помощь организациям здравоохранения на клинических базах КазНМУ и организациях здравоохранения республики. Созданы и внедрены новые образовательные технологии в виде образовательных траекторий, преемственных специализациям интернатуры и резидентуры.
Коллектив факультета участвует в выполнении 29 грантовых научных проектов, финансируемых МОН РК и МЗ РК. Сотрудниками факультета проводится большая учебно-методическая работа. За последние годы издано более 30 учебно-методических пособия, 57 методических пособий, 30 учебно-методических пособий, 8 учебников, 8 монографии. Ежегодно ППС публикуют до 500 статей и тезисов, участвуют в не менее чем в 300 конференциях различного уровня.
В 2014-15 учебном году по программе академической мобильности в Республике Чехия, Прага (Карлов университет) прочитаны лекции «Визитинг-профессора», прошли обучение 15 интернов и 9 резидентов. Сотрудниками факультета пройдены научные стажировки по программе «Болашак» в медицинском университете клиника Людвига г.Фрайбург( Германия), UCL Лондон (Англия), г.Берлин (Германия).
По результатам конкурса «Лучшая кафедра университета» признана кафедра интернатуры и резидентуры по акушерству и гинекологии и кафедра интернатуры и резидентуры по психиатрии и наркологии.
Внедряется Модель личностного роста и развития студента, в соответствии с которой планируются все виды воспитательной и социально-культурной деятельности в университете. В 2014-15 учебном году лучшим куратором университета признана ассистент кафедры ВОП Исаева К.К.
Интерны факультета являются призерами выездных международных конференций – г.Москва (2 место), г. Воронеж (2 место), г.София (Болгария) 2 место.
Вреспубликанском конкурсе«Лучший выпускник РК» интерны 6 и 7 курса заняли призовые места (в 2012-13 учебном году – 1 место, в 2013-14 учебном году — 3 место). На конкурсе научных проектов молодых ученных («Назарбаев Университет») в сфере разработки новых фармацевтических средств по офтальмологии интерн 6 курса занял 3 место.
Профессор кафедры ИиР по неврологии, д.м.н. Туруспекова С.Т. во время подготовки к космическому полету казахстанского космонавта А.Аимбетована корабле «Союз ТМА 18М» и послеполетный период являлась личным врачом космонавта.
На сегодняшний день деканат является основным учебным, научным и клиническим структурным подразделением Университета, которое осуществляет обучение на второй ступени медицинского образования по одной или нескольким родственным специальностям. Деканат объединяет все кафедры, относящиеся к специальностям, включённым в состав интернатуры и резидентуры, а также те общенаучные и фундаментальные кафедры, которые по содержанию своей работы наиболее близки профилю второго уровня высшего медицинского образования.